马銮湾位于厦门市西北部，横跨海沧区和集美区，是厦门市五个城市组团之一。其东临厦门西海域，与厦门本岛隔海相望，北侧边界为鹰厦铁路，与杏林城区、灌南工业区和中亚工业区相接，西侧边界为厦门与漳州行政界线——第一农场，与漳州龙海市相连，南侧至蔡尖尾山脚下，总面积约55.65平方公里，具有典型的海湾地形特征。
　　东端的马銮海堤长1655米，堤顶宽8-9米；西北部的外围为高山地形，最高峰天柱山海拔933.1米，地势自西北向东南倾斜，山麓以下是一片低丘平原；南面有蔡尖尾山和文圃山等组成的中低山脉，地势自南向北倾斜，沿山麓至海岸有一东西长约8公里，南北宽约2公里的平地；北面为杏林城区。
　　马銮湾流域形状似一巨掌，腕部即为马銮湾口。共有6条溪流及3条排洪渠入湾。目前马銮湾水面面积约4平方公里，周围滩涂面积约13平方公里，整个马銮湾流域集水面积为123.2平方公里